Vi state addentrando in un ginepraio...
Il reticolato è sempre orientato al nord "cartografico" cioè quello che per quel tipo di proiezione corrisponde al Polo Nord geografico.
Il problema sorge dal fatto che questo valore differisce dal nord magnetico, e pertanto per orientarsi con la bussola, c'è bisogno della correzione magnetica (sono i dati sulla declinazione che sulle buone mappe si trova di sicuro).
Posto che invece si utilizzi il GPS, a te non importa granchè del magnetismo ne tanto meno dell'orientamento della cartina (se cioè durante la scansione, solo se unica, l'immagine ha subito una rotazione, perchè invece se fai un college di più immagini conta eccome); infatti sarai tu al orientare appunto l'immagine, mediante dei punti noti di cui conosci le coodinate o fruttando l'incrocio del reticolato.
PS
Se posso consigliare un metodo per una ottima calibrazione, vi suggerisco di prendere tutti punti aventi coordinate differenti, cioè a dire non sui vertici di un immaginario quadrato o rettangolo (così infatti i punti sulla base starebbero sullo stesso parallelo) ma sui vertici di una figura irregolare come stella ad esempio.