Hai centrao il problema. La colpa è soprattutto dei sali. Uso normalmente due borracce di buona qualità (Le Zefal del Decathlon in alluminio con interno in ceramica:
[URL="http://www.decathlon.it/borraccia-700-ml-allum-argento-id_3218940.html"][url]http://www.decathlon.it/borraccia-700-ml-allum-argento-id_3218940.html[/URL][/URL]) di cui una piena d'acqua e l'altra con acqua e sali minerali (Polase o simili). Bene, quella con solo acqua è sempre perfetta... l'altra piena di muffa tra l'altro difficile da togliere nei punti difficili.
Rimedio:
1) candeggina: solo la prima volta per riportarla al nuovo; poi sciacqua molto bene e lasci asciugare bene; se ti ricapita, ma non ti ricapita se segui i consigli successivi, puoi usare un pò di amuchina come ti hanno suggerito (bella anche l'idea della Coca Cola...)
2) quando rientri dal giro sciacqua sempre bene la borraccia sotto l'acqua eliminando così residui di sali minerali disciolti nell'acqua (
è quello il problema); poi
fai asciugare bene senza tappo oppure meglio riempi d'acqua semplice e metti tutto in frigo col tappo ben chiuso; la temperatura bassa ma soprattutto la mancanza di luce evitano che la muffa possa proliferare
3) se ti ricapita ancora dopo un paio d'anni cambia la borraccia. Anche per le Zefal che sono buone borracce e costano 6 euro, anzichè sentire il saporaccio tanto vale buttarle via o al limite riciclarle come porta-
attrezzi da mettere sulla bike al posto di uno dei portaborraccia; sono attento all'uso e al riuso ma a volte un ricambio ci vuole...
compratevi una bottiglietta di amuchina che è un potente batiricida, ne bastano 2 gocce per litro, e lasciate perdere la candeggina, poi quelle profumate te le raccomando... 
)