Mi vien da pensare che la posizione della sella, il suo assetto e la sua forma siano sbagliati.
Perché non sembra assolutamente normale che accada questo, non deve succedere, se non dopo tantissime ore senza cambiare posizione e con una sella non del tutto adatta.
Prima che il fondello, c'è la corretta posizione della sella, e prima ancora c'è la sua forma e dimensione. (*)
Prova a controllare se è almeno orizzontale, o lievemente inclinata in avanti, se proprio serve.
Te lo dico perché sono uno che pratica lunghissime distanze, uso pantaloncini Assos con fondelli molto generosi quanto a imbottitura, ma fatti come si deve, rimango in sella per decine di ore consecutive, ma non ho di questi problemi.
Ovviamente ho una sella adatta, ma non è che la posso posizionare come capita, ho trovato la posizione corretta ragionandoci su e facendo le opportune prove.
(*) fino a qualche mese fa usavo una Fizik Gobi, sella comoda ma non scavata al centro. Molto comoda, per uscite di 8-10 ore non avevo alcun fastidio. I problemi sono usciti quando ho montato le appendici aero sulla gravel, e ho fatto 24 ore consecutive in sella. Ho risolto cambiandola con una Terra Argo, problemi spariti, anche dopo 32 ore in sella (in 43 totali) della Veneto Gravel.