applicativi per stichare ce ne sono tanti ... ma devi guardare tra i software per fotografia digitale.
Per quanto ti è stato suggerito sopra concordo parzialmente, se il lavoro è ben fatto è molto più comodo avere una mappa unica. Questo però significa avere un'unica scansione dell'intera immagine o, al limite, più scansioni REALIZZATE AD OPERA D'ARTE cioè che non presentino la minima distorsione e la cosa è ben difficile (se non impossibile) con un comune scanner piano, magari A4.
Infatti la carta è più grande del piano e, lungo i bordi, l'immagine viene distorta inevitabilmente (come la fotocopia di un libro verso il lato rilegato, per intenderci). Questo significa che due scansioni parzialmente sovrapposte non coincideranno mai del tutto e qualunque software di stitching (sia che usi procedure automatizzate, sia che richieda calibrazione manuale) compenserebbe gli errori facendo combaciare le immagini forzatamente ed introducendo ulteriore distorsione.
Moltiplica il processo per tutte le porzioni di mappa che dovrai utilizzare e fatti un'idea del risultato.
Te lo dico perchè ci ho provato anch'io e, dopo una giornata di lavoro, ho buttato tutto via!