Anche se il lapidello dovrebbe garantire una planarità ottima, non so se vada bene su un pezzo sottile come il disco... Converrebbe poi seguire solo la corona d'attrito e non toccare nè le razze nè la flangia d'accoppiamento, e col lapidello pendolare è un casino se non del tutto impossibile a seconda della macchina... Non è da escludere che, tolto dal piano, te lo trovi svergolato, magari per surriscaldamento locale se non usi fluido da taglio.
I dischi freno da auto si spianano al tornio, quelli da biga non ho idea se qualcuno lo faccia e con che macchina, visto anche il costo irrisorio del pezzo nuovo. Se i segni non sono veri e propri scavi, ti direi di fregartene nella maniera più totale, controllando solo che i corpi che li hanno causati non siano stati incorporati dalle pastiglie.